301 թվականին Հայաստանում քրիստոնեությունը հռչակվեց պետական կրոն Սուրբ Գրիգոր Լուսավորչի կողմից։ Այսպիսով, Հայաստանը դարձավ աշխարհում առաջին պետությունը, որտեղ քրիստոնեությունն ընդունվեց որպես պաշտոնական կրոն։ Սակայն բազմաթիվ հայերեն և օտար աղբյուրներ հայտնում են, որ Հայաստանում քրիստոնեությունը տարածվել և խոր արմատներ է ունեցել 301 թվականից առաջ։

Սուրբ Գրիգոր Լուսավորիչը) դարձել է առաջին կաթողիկոսը, այսինքն՝ հայ եկեղեցու առաջին առաջնորդը՝ քրիստոնեությունը պետական կրոն ընդունելուց հետո։ Ասում են, որ նա տեսիլական կանխազգացումով Քրիստոսի կողմից հանձնարարվել է կառուցել հայոց մայր եկեղեցին Վաղարշապատում՝ այսօրվա Ս. Էջմիածնում։ «Էջմիածին» նշանակում է «Աստծո Որդին իջել է»։ Երևանից մոտ քսան կիլոմետր հեռավորության վրա գտնվող Էջմիածինը մինչ օրս եղել է հայ եկեղեցու կենտրոնը։

Սակայն թագավորի կողմից Հայաստանում քրիստոնեությունը պետական կրոն հռչակելը չէրնշանակում, որ առաքյալների նահատակությունից հետո քրիստոնեությունը վերացել էր Հայաստանից։ Հաջորդ երկու դարերում առաքյալների միսիոներական աշխատանքները շարունակեցին այլ քարոզիչներ, որոնք հիմնականում վարձահատույց եղան իրենց կյանքով։

Անկասկած, Աստվածաշնչի հայերեն թարգմանությունը վճռորոշ գործնական քայլ էր Հայաստանի՝ քրիստոնեություն ընդունելու գործընթացում։ Այս քայլի նախադրյալները ստեղծվել էին միայն 406 թվականին՝ սուրբ Մեսրոպ Մաշտոցի կողմից հայոց գրերի ստեղծմամբ։ Հաջորդող լայնածավալ թարգմանչական շարժումը՝ Սուրբ Սահակ Պարթև կաթողիկոսի և Վռամշապուհ թագավորի ակտիվ աջակցությամբ, ստեղծեց հայ ազգային գրականությունը, որը չսահմանափակվեց միայն եկեղեցու հայրերի կարևորագույն գործերով։ Հայաստանում մշակութային և հոգևոր վերելքների այս ժամանակահատվածը հայոց պատմության մեջ կոչվում է «Ոսկե դար»:

5-րդ դարը նույնպես ճակատագրական էր։ Հայերը պետք է իրենց քրիստոնեական հավատքի խորությունն ապացուցեին։ Ինչպես ցույց է տալիս պատմությունը՝ սա ո՛չ առաջին և ո՛չ էլ վերջին անգամն էր։ Թշնամին Սասանյան թագավոր Յազկերտ II-ն էր (438-457թթ․), ով, բացի իր քաղաքական նկրտումներից, ցանկանում էր Հայաստանում հաստատել մազդեզականութիւն ։ 451թ․-ին Սպարապետ Վարդան Մամիկոնյանը (370-451թթ․) հայոց փոքրաթիվ բանակով Ավարայրի դաշտում ճակատամարտում է պարսից թագավորի (պարսկերեն՝ Շահ) ավելի բազմաքանակ բանակի դեմ։ Սպարապետը և նրա բանակի մեծ մասը հերոսաբար զոհվում են՝ իրենց կյանքը տալով հանուն իրենց հավատքի և հայրենիքի։ Հայ եկեղեցին ամեն տարի նշում է այս իրադարձությունը «Սուրբ Վարդանանք» կոչվող մեծ տոնակատարությամբ։

Հայերի համար այս իրադարձության կարևորությունն առաջին հերթին կայանում էր ոչ թե նրա քաղաքական կամ ռազմական նշանակության, այլ ավելի շուտ Հայաստանը մազդեզական դարձնելու Յազգերտ II թագավորի ծրագրի ձախողման մեջ: Պարսից թագավորին ի պատասխան, ով ցանկանում էր ստիպել նրանց ուրանալ իրենց քրիստոնեական հավատքը, նրանք գրեցին. «Ո՛չ ոք չի կարող մեզ հետ պահել այս հավատքից, ո՛չ հրեշտակները, ո՛չ մարդիկ, ո՛չ սուրը, ո՛չ կրակը, ո՛չ ջուրը, ո՛չ էլ դաժան տանջանքները»: Վարդան Մամիկոնյանը մարտից առաջ իր վերջին խոսքում ընկերներին ասել է. «Թշնամին ենթադրում էր, որ մենք քրիստոնեությունը միայն որպես հագուստ ենք կրում։ Հիմա նրա համար պարզ դարձավ, որ չի կարող փոխել մեր մաշկի գույնը»։ Ուստի պարզ է, որ քրիստոնեական հավատքն արդեն 5-րդ դարում դարձել էր հայկական հասարակական կառույցների անբաժանելի մասը։

Հայ Առաքելական Եկեղեցին ինքնավար է և պատկանում է, այսպես կոչված, Արևելյան Ուղղափառ Եկեղեցիների ընտանիքին։ Նրան են պատկանում նաև Ղպտի, Եթովպական, Էրիթրեական և Սիրիական ուղղափառ եկեղեցիները, ինչպես նաև Հնդիկ-Մալաբար եկեղեցիները։ 1962 թվականից Հայ եկեղեցին Եկեղեցիների համաշխարհային խորհրդի անդամ է։ Այն հաղոդակից է վերոհիշյալ Արևելյան Ուղղափառ Եկեղեցիների հետ։

Եկեղեցու գլխին կանգնած է Ծայրագույն Պատրիարք և Ամենայն Հայոց Կաթողիկոսը, ում պաշտոնական նստավայրն Էջմիածնում է։ Այսօրվա Էջմիածնի Մայր տաճարը կառուցվել է նախկինում գոյություն ունեցող հեթանոսական տաճարի տեղում, որը մեծ դեր է ունեցել երկրում մինչև քրիստոնեական հավատքի ընդունումը։ Երբ 4-րդ դարի սկզբին Սուրբ Գրիգոր Լուսավորիչն ավերեց Սանդարամենտ պաշտամունքի հայտնի հեթանոսական տաճարը և դրա ավերակների վրա կառուցեց եկեղեցին, քաղաքը վերանվանվեց Էջմիածին և դարձավ կաթողիկոսի աթոռանիստ։ Գրիգոր Լուսավորիչը եղել է երկրի առաջին կաթողիկոսը։ Էջմիածնում եկեղեցու շինարարությունը սկսվել է 301 թվականին և ավարտվել է 303 թվականին՝ Սուրբ Գրիգոր Լուսավորչի հսկողությամբ։

Պատմական պատճառներով, բացի ամենայն հայոց կաթողիկոսությունից, Հայ եկեղեցում առաջացել են նաև տեղական կղերական աթոռներ, որոնք լիովին անկախ են եղել իրենց տնօրինության մեջ և որոնց գլուխները կոչվում են նաև կաթողիկոսներ։ Ներկայումս Լիբանանում կա այդպիսի մեկ կաթողիկոս։ Այն Տանն Կիլիկիո կաթողիկոսությունն է, որի պաշտոնական նստավայրը Բեյրութի Անթիլիաս թաղամասն է։ Նրա առաջնորդն է Արամ Ա կաթողիկոսը, և գտնվում է Մերձավոր Արևելքի Բեյրութի, Հալեպի, Դամասկոսի և Նիկոսիայի եպիսկոպոսությունների իրավասության ներքո։

Բացի վերը նշված կաթողիկություններից, 1311 թվականից ի վեր Հայ Եկեղեցու չորս հիերարխիկ աթոռները ներառում են նաև Երուսաղեմի հայոց պատրիարքարանը, իսկ 1461 թվականից՝ նաև Կոստանդնուպոլսի հայոց պատրիարքարանը։

Կաթողիկոսի նախագահությամբ Ազգային Եկեղեցական Ժողովը Եկեղեցու բարձրագույն օրենսդիր մարմինն է։ Աշխարհասփյուռ հայոց թեմերի աշխարհիկ (մոտ 70 %) և հոգևոր (մոտ 30 %) պատվիրակները կազմում են այս մարմինը։ Յուրաքանչյուր թեմ տրամադրում է առնվազն մեկ պատվիրակ:

Գերագույն հոգևոր խորհուրդը Եկեղեցու գործադիր մարմինն է։ Կաթողիկոսը նախագահում է խորհուրդը, որը բաղկացած է 16 անդամներից, որոնց կեսը թեմական եպիսկոպոսներ են կամ արքեպիսկոպոսներ։ Եկեղեցու բոլոր եպիսկոպոսներն ու արքեպիսկոպոսները միասին կազմում են Եպիսկոպոսաց ժողովը, որը կաթողիկոսի նախագահությամբ զբաղվում է Եկեղեցու աստվածաբանական և կանոնական հարցերով: